In Weißenfels, der Stadt der Schuhindustrie, kam es schon kurz nach der Jahrhundertwende zu ersten Gesprächen und Begegnungen von apostolischen Christen mit am neuen apostolischen Glauben interessierten Menschen.
Die ersten Treffen fanden in einem Dachstübchen in der Naumburger Straße 23a statt. Priester Otto Riedel aus Merseburg betreute die kleine Schar. 1904 wurden die ersten 4 Seelen aus Weißenfels in Merseburg versiegelt, d.h. sie wurden Mitglieder der Apostolischen Gemeinde. Die Zahl wuchs beständig, so dass bald ein größerer Raum benötigt wurde. Ein ausgedienter Schafstall bei der Speditionsfirma Morgenroth an der Promenade wurde gemietet werden und als neues Versammlungslokal hergerichtet. Leider musste dieser Raum aufgegeben werden, da er durch das Hochwasser der Saale in Mitleidenschaft gezogen wurde. In der Nicolaistraße 19 versammelten sich jetzt die Gottesdienstbesucher. Dort wurde ein Harmonium aufgestellt werden und ein Gemeindechor gegründet. Einen weiteren Versammlungsraum gab es auch in der Beuditzstraße 32, bis endlich am 07.November 1948 Bischof Werner in der Burgstraße 19 eine passende, würdige Gottesdienststätte einweihen konnte. Das Gebäude, das einmal den Ratskeller beherbergte, war eines der ältesten Häuser der Stadt und diente fast 52 Jahre der Gemeinde Weißenfels als Heimstatt. Im Jahr 1982 wurde dieses Lokal in vielen freiwilligen Arbeitsstunden verschönert und eine Pfeifenorgel eingebaut. 1990 wurde die Gemeinde Hohenmölsen in die Gemeinde Weißenfels integriert.
Neuapostolische Kirche